・中殿：穂高見命（ほたかのみこと）
・左殿：錦津見命（わたつみのみこと）
・右殿：瓊瓊杵命（ににぎのみこと）
・別殿：天照大神
・若宮：安曇連比羅夫命（あづみむらじひらふのみこと）
奥宮：
・穂高見命（ほたかのみこと）
境内にある「穂高神社略記」によると 安曇族は、北九州に起こり海運を司ることで早くから大陸との交渉を持ち、文化の高い氏族として栄えていた。その後豊かな土地を求め。いつしかこの地に移住した安曇族が海神を祀る穂高神社を創建したと伝えられている
主神穂高見命は、別名宇津志日金折命（うつくしかなさくのみこと）と称し、海神の御子で神武天皇の叔父神に当たり、太古此の地に降臨して信濃国の開発に大功を樹られたと伝えられる。後神孫安曇族は、此の地に安曇郡を建て祖神を奉斎し、永くその祭礼を殷盛にした。 然れば往古より天下の名社として重宣の御崇敬殊に篤く、遠く延喜の制には式内名神大社に列し、祈年の国幣に預かり又神階昇叙のこともあった。降って仁科氏松本藩主累代は等しく社領を安堵し式年の造営を怠らず明治の聖代に及んだ。 次いで昭和１５年国幣小社に昇格したが、昭和２１年神社制度の変革により宗教法人として神社本庁に所属し別表神社として特別に遇せられている。
・祈念祭（奉射神事）３月１７日
・例大祭（御船神事）９月２７日
・新嘗祭（感謝祭）１１月２３日
奥宮：
・例大祭（御船神事）１０月８日
式年祭（御遷宮）昭和４４年・５１年・５７年・６４年の年次に伴ない各年５月寅日寅刻
・・お船祭り
・・北九州から日本海を経て移住した安曇族に因む祭り
奥宮：南安曇郡安曇村上高地字明神
上高地明神池畔に祀られている
国道１47号穂高交差点を西へ５00m入る
